Le LMI est structuré en 5 axes de recherche  :

• Axe 1 : Des services climatiques opérationnels dans la région ;
• Axe 2 : Evènements hydroclimatiques extrêmes ;
• Axe 3 : Scénarios d’adaptation du secteur énergétique ;
• Axe 4 : Ressources agricoles et sécurité alimentaire ;
• Axe 5 : Trajectoires de transition durable du Nexus Climat-Eau-Energie-Agriculture